有關外界關切「陸菲南海仲裁案」是否影響我太平島地位，以及我政府捍衛太平島主權的決心，行政院今（2）日表示，中華民國政府堅決捍衛我國南海四沙群島領土主權及海洋權利的決心及作為不容置疑，並將密切注意本案發展並採取必要因應作為，以彰我國主權。
行政院表示，經查陸菲南海仲裁案仲裁庭第一階段裁決內容，其中菲律賓15項訴求中並未提及太平島，依不告不理的原則，仲裁庭未來實體審判時，應不致對我國太平島做出裁決。此外，仲裁庭本次所作第一階段裁決，僅是針對該案程序問題做出判斷，未觸及實體問題，故並無外傳將我國太平島降為岩礁的情況。
行政院指出，依據聯合國海洋法公約（UNCLOS）第121條第1項之定義，島嶼（island）為四面環水，並在高潮時高於水面自然形成的陸地區域且可維持人類居住或其本身經濟生活，可擁有領海、大陸礁層及專屬經濟海域。我國太平島為南沙群島最大自然生成島嶼，可維持人類居住及本身經濟生活，符合UNCLOS第121條「島嶼」的要件，自可主張專屬經濟海域及大陸礁層。
行政院進一步指出，本案為菲律賓以中國大陸為被告，依聯合國海洋法公約附件七的仲裁程序提請之國際仲裁。因菲控訴對象為陸方，我國自始並非該案當事方，故我國亦無自居被告參與仲裁的義務。鑒於菲律賓從未邀請中華民國參加該國與中國大陸間的南海仲裁案，仲裁庭亦未就本案徵求中華民國的意見，因此本案與中華民國完全無涉，中華民國政府對其相關判決概不承認，亦不接受。
行政院表示，太平島碼頭整建工程預計於今（104）年12月底驗收，搭配已同時完工的燈塔一座，將有助實現馬總統「南海和平倡議」所揭示「主權在我、擱置爭議、和平互惠、共同開發」的精神。
行政院表示，為彰顯政府以人道和平方式經營該島的理念，我國已積極推動建置太陽能光電系統，改善機場導航設施等措施，以提升區域救難能力，打造太平島成為和平、生態與低碳之島。此外，政府已舉辦多年的「全民國防南沙研習營」（累計已舉辦12梯次，計有國立臺灣海洋大學等21所學校、215位師生參與）將擴大舉辦，現亦正審慎規劃適度開放國人登島參訪的可能性。