有關近日媒體針對《臺日漁業協議》的報導，部分與事實不符，外交部謹說明如下：
《臺日漁業協議》係「東海和平倡議」的落實，兩國擱置爭議，以和平理性態度在漁業安排上獲致實質進展，讓我漁民在該海域內的作業權益獲得確保，協議適用海域範圍超過臺灣面積兩倍大，展現「擱置爭議、共同開發」的精神，國內及國際輿論均肯定此項成果，足證此作為符合國家利益及國際期待。
釣魚臺列嶼為中華民國固有領土，政府堅決維護該列嶼主權，我一貫立場為「主權在我、擱置爭議、和平互惠、共同開發」。臺日簽署漁業協議，我在主權議題上絕無退讓。事實上，本（102）年4月10日簽署之後，馬總統於4月11日接見日本交流協會會長大橋光夫時亦重申我對釣魚臺列嶼的立場。4月17日馬總統出席「釣魚臺列嶼議題國際研討會」時，亦再度闡述該列嶼的歷史及法律證據，強調該列嶼為臺灣附屬島嶼、中華民國固有領土。
馬總統就任後將臺、日關係定位為「特別夥伴關係」，在兩國政府與人民共同努力下，順利簽署《臺日漁業協議》，解決雙方17年來歷經16次會談懸而未決的爭議，進而締造兩國更緊密與信賴的關係。日本前、後任政府均表示支持「東海和平倡議」，並肯定我國為日本的重要夥伴。日本政府與人民對國人在日本311大地震後的踴躍捐輸與協助也銘感在心。
中華民國政府對日本內閣閣員及國會議員參拜靖國神社的立場從未改變。由於此一舉動具有高度爭議性，必須極為審慎。外交部發言人也曾於4月29日公開表示，日本政府應記取歷史教訓，不要做出傷害鄰近國家國民情感的舉措，並以前瞻性的思維，負責任的態度，與周邊國家發展友好關係。（E）