中央研究院近代史研究所自1955年接收外交歷史檔案後，即著手整理與編目工作，至1956年9月，外交部與中研院換文商定「合作整理舊檔案辦法」，依類分項進行編輯整理工作，包括分類編目、製作卡片、整理散檔、裝裱舊冊等。為利檔案永久保存，中研院近史所自1991年10月起開始製作外交檔案微縮影片，共拍攝157卷，並自2001年起分5年完成數位影像檔案之製作。
中研院近史所「檔案館館藏檢索」資料庫「外交部門」項下包括1861至2009年期間之外交歷史檔案：
01 總理各國事務衙門
02 外務部
03 北洋政府外交部
04 國民政府外交部
11 外交部
目前「11 外交部」僅供線上查詢目錄，再申請到館閱覽；其他01、02、03、04等時期檔案均開放線上閱覽圖檔(惟須先在檢索系統進行註冊及以經審核之群組/帳號/密碼登入，並事先下載看圖軟體tifsetup.exe，方能啟閱圖檔)。
資料庫使用及到館查詢等相關問題，請洽詢專線電話(02) 2789-8284；電郵信箱archives@gate.sinica.edu.tw。