中日雙方於八十九年七月三日在台北舉行航空協商，討論雙方航空業務有關問題。中方由亞東關係協會余秘書長永順擔任代表，外交部、交通部、交通部民用航空局等各機關官員與會；日方由交流協會台北事務所總務部長山下哲生擔任代表，外務省、運輸省官員以觀察員身分與會。雙方於本（四）日在亞東關係協會舉行簽署儀式，中日雙方有關航空公司人員亦列席。
中日兩國自一九七四年四月停航後，旋於一九七五年七月簽署新民航協定後復航，並於一九九四年九月修訂該協定，完成指定第二家航空公司飛航中日航線及增加班次等協議。中日雙方鑒於近年來兩國人民往來愈益頻繁，現行飛航班次載客情形已漸呈飽和，遂就增加航點及班次事宜進行協商，於本年三月在東京達成初步共識後，續於本（四）日達成最後協議，同意我國長榮航空公司加入飛行東京航線，另我方年包機總額度由七百架次增為八百架次，我方並可增加指定第三家航空公司營運包機，此外，日方同意長榮公司每週可增加營運札幌包機六班次，對於進一步促進中日關係及兩國民間交流均有助益。