針對本(四)月二十九日某晚報報導指稱，日本首相小泉純一郎前往靖國神社參拜，「我寬容，日未回應」及「中共及南韓均強烈抗議，惟獨我國外交部表示寬容、肯定」乙節，外交部嚴正指出，該報導部分內容嚴重扭曲外交部四月二十二日新聞稿原意，特此澄清如下：
一、外交部不是對日本發動第二次世界大戰，造成亞洲國家的痛苦及不幸表示「寬容」，而是強調日本發動侵略戰爭的歷史不容遺忘，但任何歷史事件的發生都有特定的時空環境，我們只有以「寬容」的精神忠實面對歷史教訓，才能拋棄仇恨，以理性的態度及前瞻的視野，開創未來。
二、外交部並未「肯定」日本小泉首相參拜靖國神社的舉動，而是瞭解到戰後日本憲法第九條已明白宣示日本將永遠放棄以戰爭及武力解決爭端，且五十年來日本確實走向民主和平的事實，並對小泉首相去年八月十三日參拜靖國神社後，所強調日本將致力維護和平，絕對不會重蹈戰爭覆轍的談話表示「肯定」之意。