外交部98年度施政績效50項衡量指標中，經行政院評估結果整體合格率達88％（含良好「綠燈」及合格「黃燈」），在「業務構面」無「紅燈」（績效欠佳），在「內部管理構面」僅一項被評為「紅燈」，欠佳比率為2％。
有關報載外交部遭行政院改列燈號3個項目中，「加強台美關係，並推動與美國簽署台美自由貿易協定」及「加強與歐盟關係」，兩項均經行政院改評為績效合格的「黃燈」，「落實保僑護僑措施」改評為績效不明的「白燈」，以上均非績效欠佳，而係因外交部評估標準及方式與行政院略有差異所致。
外交部施政涉及對外關係，計畫執行亦需外國政府或組織配合，方能達成目標，因此辦理業務與國內機關屬性顯有不同。此外，外交部部分業務及預算具有機密敏感性，因此外交部初核與行政院公開複核比率略有差距，未來將與行政院持續溝通，加強合理性說明。
外交部同仁秉持「尊嚴、自主、務實、靈活」的活路外交原則拓展業務，時時以同理心處理保僑、護僑，未來外交部仍將積極對外爭取國家利益及國人權益，籲請國人繼續支持外交部並不吝給予指教。（E）