立法院於本年五月間審查八十年度中央政府總預算時曾決議「台灣地區入出境證應於七十九年七月一日起廢除」。行政院為尊重上述決議，經內政部及外交部等主管單位數次會商，決定自七月一日起由外交部領事事務司與內政部警政署入出境管理以合署辦公作業方式處理核發護照及入出境許可事宜。
目前因合署辦公處所一時無法覓妥，故暫由內政部警政署入出境管理局派員至外交部領事事務司聯合作業，屆時在台灣（含金馬）地區設有戶籍之國人如擬申辦護照及出國手續者，僅須前往外交部領事事務司一處申辦即可。外交部駐高雄護照收發服務處與內政部警政署入出境管理局南部地區服務處之作業方式亦比照合署辦公方式辦理。
外交部與內政部已會商訂定「申請護照及出入境許可作業規定」，申辦手續亦予簡化，今後國人如擬申請護照及入出境許可，除尚未履行兵役義務之男子外，僅須檢附國民身分證正、影本各乙份（十四歲以下未領身分證者，附戶口名簿正、影本）填妥申請書一份、照片三張即可自行或委託親友或旅行社向外交部領事事務司辦理。惟軍、公、教人員之出國仍應由服務機關、學校依權責核轉辦理。
目前內政部警政署入出境管理局核發出入境證時間原則需三至五個工作天，外交部核發護照需四十八小時，合署辦公實施後可縮短作業時間為四至五個工作天。惟七月起適逢暑假出國旅遊旺季，外交部特籲請擬出國者，預估個人行程辦理手續。
為便民起見，自七月一日起，凡已持有有效護照及出境者，可將出境證配合原領護照出國，無須另行換發入出境許可。俟返國後擬再出境者，再向內政部警政署入出境管理局申辦「入出境許可」附貼於護照內。
另國人目前倘已持有有效護照，惟尚未辦理出境手續者，自七月一日起，可持護照逕向內政部警政署入出境管理局申請入出境許可。