「國際衛生條例2005」（IHR 2005）已自本（6）月15日正式生效。據悉「世界衛生組織」(WHO)秘書處日前將中國有關實施IHR 2005之聲明英譯文函轉各會員國駐日內瓦代表團，該聲明稱IHR適用於中華人民共和國全境，包含「台灣省」在內。中華民國（台灣）外交部就此予以嚴正駁斥，已請駐日內瓦辦事處向WHO再次轉達我方下述立場，並周知各國駐日內瓦代表團，以正視聽：
（一）我國早於上（2006）年5月13日宣布自願提前實施IHR 2005，另已於本（6）月15日起與國際同步實施IHR 2005，推動新防疫措施。
（二）我政府已正式通知「世界衛生組織」（WHO）我國將配合執行IHR 2005之決定，並指定行政院衛生署疾病管制局為我國之國家對口單位。
（三）中國政府誆稱中方實施IHR已包括台灣，並將台灣定位為其一個省乙節，嚴重悖離事實。中華民國（台灣）是一個主權獨立的國家，中國從未對台灣實施管轄權，既無權亦無法代表台灣。我政府必須嚴正指出，唯有由全體台灣人民以民主方式選出之合法政府方有權對台灣地區包括海空領域在內行使獨立管轄，在台灣地區任何有關IHR防疫措施之實施，亦僅能由我政府相關部門執行。
（四）要求WHO切實遵守IHR 2005 第3.3條「普世適用」原則，接受我國為IHR之獨立參與方，建立與我國之直接互動及聯繫管道。我絕不接受WHO將任何有關我國及其海空域實施IHR 之事務納入中國之下。倘WHO未來在IHR執行方面仍執意透過中國中介而不直接與我合作，將令全球防疫產生漏洞。（E）