外交部對於媒體所報導的世界衛生組織內部文件，事先已掌握到相關訊息。該文件是世界衛生組織幹事長辦公室通知該組織下屬單位有關執行2005年國際衛生條例（IHR）與台灣互動的內部規範。對於該文件所持的政治立場，我政府絕不接受並表嚴正抗議。
自2009年以來，我國得獲納入國際衛生條例之執行並獲邀以觀察員身分參加世界衛生大會，對我國擴大參加國際醫衛合作、強化處理緊急公共衛生突發事件能力及保障全民福祉，均有正面助益。
自1971年聯大通過第2758號決議案後，聯合國體系即使用Taiwan, Province of China不當名稱稱我。過去前任政府執政期間非但一籌莫展，國際社會亦不認同我國所採取的衝撞作法。
直到馬總統上任後，政府基於尊嚴、自主、靈活、務實的活路外交政策，於2009年爭取到世界衛生組織幹事長致函邀請我衛生署長組團以觀察員身分參加世界衛生大會（WHA），此邀請函以Chinese Taipei稱我，並以Minister稱呼我衛生署長。
另世界衛生組織網站有關H1N1疫情資料之發布亦稱我為Chinese Taipei。這些都是1997年我開始推動參與世界衛生組織十餘年以來，政府與民間持續努力所獲致且得來不易的成果，這也是現政府在國際政治現實條件下，「以台灣優先，對人民有利」之原則，為國人福祉爭取得來的成果，我政府絕對不能接受這種努力與成果被誣蔑為「喪權辱國」；更何況媒體所報導的國際衛生條例相關文件為世界衛生組織的內部文件，我從未曾接受，也表達強烈抗議，因此自然無喪權辱國之情事。
國際衛生條例為世界衛生組織會員國所制定的國際衛生合作機制，我國自2009年起和世界衛生組織方面相互指定連繫窗口，並透過此一連繫窗口接獲世界衛生組織有關公共衛生和疫情的資訊。例如本年三月日本福島核電廠事故，我國即自IHR連繫窗口接獲許多及時且有用的資訊。
由於國際公共衛生事務具有時效性且涉及專業，因此我國與IHR保持聯繫窗口不僅有其必要性，我國和世界衛生組織各技術部門的聯繫和溝通管道也有擴大的必要，此亦符合國際社會多年來支持我國有意義參與世界衛生組織的期待。
我政府於2009年得以參與WHA，大幅提升我國參加國際醫衛相關會議與事務的層次，進一步確保國家利益和人民衛生福祉。政府將繼續秉持專業參與、維護國家主權尊嚴的原則，組團參加本年WHA，維護台灣人民的權益。（E）