本部對於巴西男童吳憶樺監護權歸屬事，自始即非常關切並積極協助處理，也一直分別與吳童在巴西及台灣高雄的家人保持密切聯繫，希望雙方都能基於吳童的權益，以平和理性的態度達成協議。
本案係一民事案件，本部為行政機關，必須依法行政，並尊重司法，因此對本案從未預設立場。本（廿四）日某晚報報導稱外交部函請司法院速送吳童回巴西，與事實不符。查巴西駐華商務辦事處於本（九十）年五月九日函請本部將巴西南大河州葛諾阿斯（Canoas）地區青少年法院對吳童的判決書轉送我國的司法機關研處，並盼協助吳童儘速返回巴西。本部只是應該處要求將該判決書函送司法院研處惠復，因此，報導所稱本部函請司法院速送吳童回巴西，實係引述錯誤。
本部至盼本案順利解決，雖巴西部分民眾有若干情緒性反應，但經過我駐巴西代表處之積極溝通，目前巴方男童家屬已表示願意理性解決，本部至盼本案早日圓滿解決。