針對菲律賓公務船於5月9日射擊我國漁船「廣大興28號」，造成一名漁民死亡、船隻嚴重受損之案件，總統強調，菲律賓公務船人員在臺菲專屬經濟海域重疊範圍內濫用武力，此一行為不論是在國際法或1982年的《聯合國海洋法公約》均於法無據，不容於國際社會，因此，我國政府嚴正要求菲律賓政府正式道歉、賠償損失、儘速徹查事實嚴懲凶手及儘速啟動臺菲漁業協議談判。上述四大要求均符合國際法規範與實踐，菲律賓政府應負起責任，處理國際事務。然而，該國政府在限期72小時內未符合我國要求，故我國採取召回駐菲大使、凍結菲勞申請、發布菲律賓旅遊警示燈號為「紅色」，以及停止雙方農業、科技及經濟交流等11項制裁措施。
總統認為，在公開海域殺害非武裝的無辜人民，是任何一個文明國家均無法忍受的事情。中華民國係愛好和平的國家，向來主張以和平方式解決爭端，並多次落實此一原則，希望菲律賓政府亦能秉持相同態度，扮演負責任的利害關係者（responsible stakeholder）。