針對本案後續處理情形，總統向家屬表示，昨晚他已召集相關單位召開國安高層會議，向菲律賓政府提出四項嚴正要求，倘菲方未能依限回應，政府將立即啟動後續因應作為。
總統指出，為維護我國漁船作業安全，目前已有海巡署「巡護一號船」在外海執行護漁任務，今天中午該署「福星艦」及國防部拉法葉「康定艦」亦已出海，秉持「海巡護漁民、海軍挺海巡」、「海巡在第一線、海軍在第二線」之原則，以加強護漁工作，確保漁民作業安全。
總統說，我國日前已與日本簽訂漁業協議，政府對南部海域亦同樣重視，由於過去我國期與菲律賓簽署漁業協議的努力未獲對方重視，此次政府一定會要求儘速啟動談判。此外，自他上任後，政府即投入240億餘元經費，積極推動「強化海巡編裝發展方案」，「新北艦」及「巡護八號船」甫於日前成軍，在他卸任前，將有41艘船艦加入護漁行列。
談及事件經過，總統說，他於5月9日下午接獲訊息，得知我漁民被槍擊身亡，至當日晚上8、9點確定是菲律賓公務船所為，因此他於5月10日上午即出面要求菲國應道歉、賠償、懲凶，同時防止類似事件重演；雖然該國駐臺代表表示道歉，但菲律賓總統府卻予以否認，「完全沒有誠意」。為此他於5月11日上午視導「海安七號演習」時，公開表示無法接受此一作法，認為菲國此一作為並非執行公務，而係「違法殺人」，違反海洋法與人道精神，政府絕對會為家屬討回公道，「有了結果才會罷休，我們一定會做到」，「政府不能不了了之，一定要查出結果，一定要辦到底」。
針對洪石成先生之女所提希望政府協助下列事項，包括：要求菲律賓政府公開向我漁民道歉、確保漁民作業安全、建立並簡化報案標準作業流程等，總統亦再度說明政府已向菲國提出四項嚴正要求，第一、正式道歉，第二、賠償損失，第三、儘速徹查事實嚴懲凶手，第四、儘速啟動台菲漁業協議談判；前三項即針對此一個案，第四項則為確保漁民權益。至有關報案系統的單一窗口化，總統説，政府一定會立刻予以改善並簡化相關作業時程；另亦將研究如何因應緊急救難事故，事實上，日前「新北艦」成軍時他即要求海軍儘快提供資訊，俾利海巡署附直昇機設備的艦艇完成相關作業，以擴大救援能量。