行政院長江宜樺今(10)日上午八點緊急召集外交部、海巡署、農委會及陸委會等部會首長，針對菲律賓公務船槍擊小琉球籍漁船事件召開緊急會議，除釐清整起事件經過外，也於會中嚴正譴責此行為並責成相關部會積極處理，包括外交部已於第一時間要求菲律賓政府就此事件正式公開道歉、緝凶及做出合理賠償，院長指示外交部訓令我駐菲律賓代表處大使王樂生積極接洽菲律賓政府，要求儘速做出具體回應；海巡署務必維護我國漁船在南方經濟海域作業安全，海洋總局每日增派2艘大型巡防艦船至該海域巡護，以提升機動應處能力；農委會漁業署除將就修復漁船所需經費給予專案貸款並對家屬撫卹從優外，各漁會也要加強作業漁船聯繫互相協助，透過漁業電台迅速協助突發事件，降低損失。
江院長對此事相當關切，已透過外交部於今日上午九點四十分，親自致電罹難船員洪石成的女兒洪錦芳小姐表達深切慰問，承諾政府將給予最完善及妥適的照護，並協助家屬處理後續相關事宜。
江院長指出，此一槍擊漁民事件違反國際法及海洋法規範，我政府對菲律賓政府表達強烈譴責及抗議，政府捍衛主權、保護漁權、維護我國民眾權益的立場非常堅定，主權絕不能退讓，但資源可以分享，此為馬總統提出「東海和平倡議」的基本理念，故政府對於有爭議的重疊經濟海域，會基於「東海和平倡議」理念及簽署「臺日漁業協議」的務實作法，與他國建立有規範的合作關係，以確保臺灣漁民的正當捕魚權利獲得充分保障。