臺菲雙方經連日協商，對於菲方提出11項協助請求及我方提出10項協助請求，已達成合作調查共識。雙方將互派調查小組，分別於102年5月27日上午出發。我方調查小組以臺灣屏東地方法院署檢察官為主，偕同內政部刑事警察局相關鑑識專家共八人組成，由林彥良主任檢察官領隊；透過雙方的合作調查，查明事實真相。
法務部於同年5月12日、14日透過外交部經由我國駐菲律賓台北經濟文化辦事處向菲方提出相關調查之要求，菲方則於同年月20日經馬尼拉經齊文化辦事處向我國駐菲律賓台北經濟文化辦事處提出司法互助請求書，法務部於同年月22日接獲該請求書；嗣法務部在同（22）日下午，將上開回覆意見透過外交部轉交菲方。嗣菲律賓司法部於同年月24日多次來函，法務部亦經迅速研究後，以最快時間回覆。雙方已取得基本共識，預計於同年月27日上午，我國調查小組將前往菲律賓，菲律賓調查小組亦將於同日上午前來臺灣，雙方將合作調查以釐清真相。
菲方已同意我方調查小組除登船、驗槍外，並可檢視事發錄影資料、協助訊問涉案人員、檢視筆錄、航程紀錄等。關於菲方提出的請求互助調查事項，除了對死者大體進行相驗鑑識，因與我國法制不符且死者家屬反對並對其造成困擾外，將依據雙方討論情形以司法互請求書中所確認之內容進行。
菲律賓國家調查局(National Bureau of Investigation, NBI)一行八人抵臺後，將安排到法務部法醫研究所、臺灣屏東地方法院檢察署了解相關證據；菲方人員也將隨同我方人員登船進行檢驗，並到成功大學瞭解船跡紀錄及到刑事警察局做彈道檢驗。
雙方將在符合司法互助「互惠平等」精神之前提下進行合作調查，以究責賠償，還給死者公道。