在釣魚臺列嶼爭端中，我不與中國大陸合作或聯手之原因如下：
（一）雙方主張之法律論述依據不同，難以合作：
1、我方主張《開羅宣言》係回復臺灣及其附屬島嶼（包括釣魚臺列嶼）為中華民國領土地位之基礎法律文件。1952年《中日和約》簽訂後，中華民國與日本之間就臺灣及其附屬島嶼已完成主權移轉的法律手續，自應包括釣島在內。自1945年至1972年美國依據《舊金山和約》託管琉球等島嶼期間，釣魚臺列嶼並非在日本統治下，亦不在任何國家名義下接受統治，故美軍託管亦無主權上意義。而我人民尤其是漁民，經常使用該島，沒有受到干擾，加上美軍依據《中美共同防禦條約》協防臺海，使我國沒有與美國交涉的必要。
2、中國大陸立場係淡化《開羅宣言》，避免提及中華民國乙詞，且否定《舊金山和約》與1952年《中日和約》。然《日「中」建交公報》及《日「中」友好和平條約》並未提及臺灣及其附屬島嶼主權移轉之法律手續，使其主張之法理依據不足。中國大陸並認為琉球由美軍託管為非法，應歸還日本。
3、綜上，雙方對《舊金山和約》和1952年《中日和約》之立場涇渭分明，各自之國際法論述且已分別在國際社會公告周知，基於「禁反言」原則，雙方無法就此節合作。
（二）雙方解決爭議之構想不同，難以進行合作：
1、馬總統於2012年8月發表「東海和平倡議」，我方立場為對於釣魚臺列嶼爭端應採取談判（協商）、調解（斡旋）、仲裁或訴訟等和平方式解決。
2、中國大陸迄今對我「東海和平倡議」無正面回應，亦反對交付國際法院解決，更未提出和平解決之具體構想。中國大陸更曾分別與印度、蘇聯、越南等國發生五次領土戰爭。雙方在解決爭端之構想不同，因此難以合作。
（三）中國大陸不承認我具統治權，我國無法與中國大陸協商：
我國立場為釣魚臺列嶼是臺灣附屬島嶼，是中華民國固有領土，中國大陸必須不否認中華民國政府具有統治權的事實，不排除兩岸以平等地位參與涉及釣魚臺列嶼爭端之解決方法，否則雙方將很難合作解決釣魚臺問題。
（四）中國大陸介入之舉動影響臺日漁業會談，我方難與之合作：
我國提出「東海和平倡議」，願意「以對話取代對抗」、「以協商擱置爭議」的方式，與日本先行透過漁業會談，先解決漁業爭議，以維護漁民權利。中國大陸方面則曾明白表示反對臺日漁業會談觸及任何涉及雙方主權議題，干擾我與日方間之會談。
（五）兩岸合作須顧及東亞區域平衡及國際關切：
我國處於東亞第一島鏈中重要位置，而中國大陸近年來全力發展海、空軍力量，亟欲突破第一島鏈，長期以來，我國與美、日在政治、經濟及國防方面均具高度共同利益，倘兩岸間就本案貿然合作，美、日及其他鄰邦均將嚴重關切，並影響我與美、日之雙邊合作關係及東亞區域之政治與軍事平衡，尤宜審慎。